Bodrum kalesi iki liman arasında kayalık bir alan üzerinde kurulmuştur. Antik çağda önce ada olan bu alan sonraları kente bağlanarak yarımada durumuna gelmiştir. 1406-1523 yılları arasında inşa edilen St. Jean Şövalyeleri'nin kalesi, kare planlı, 180 x 185 m ölçülerindedir. İç kale içinde değişik ülke adları verilmiş kuleler bulunmaktadır. En yüksek kule deniz seviyesinden 47,50 m yükseklikte olan Fransız Kulesi'dir. Diğer kuleler İtalyan Kulesi, Alman Kulesi, Yılanlı Kule ve İngiliz Kulesidir. Kalenin doğu duvarı dışında kalan bölümleri çift beden duvarları olarak takviye edilmiştir. İç kaleye 7 kapı geçilerek ulaşılır. Kapılar üzerinde armalar bulunmaktadır. Armalar üzerinde haçlar, düz veya yatay bantlar, ejder ve aslan figürleri bulunmaktadır. İç kalede Sapelin alti dahil olmak üzere 14 sarnıç vardır. Kale korugani, çiftli duvarlar arası su hendeği, asma köprü, kontrol kulesi, II. Mahmut tuğrası kalenin göze çarpan yerlerindendir. Bodrum Kalesi, 19. yüzyıl sonunda kalenin hapishane olarak kullanıldığı dönemde bir hamam yapısı ile Osmanlı niteliği kazanmıştır. Kale bugün Sualtı Arkeoloji Müzesi olarak kullanılmaktadır. Müze koleksiyonlarında bulunan eserler Türk hamamı, Amphora sergilemesi, Doğu Roma Gemisi, Cam Salonu, Cam Batığı, Sikke ve Mücevherat Salonu, Karyalı Prenses Salonu, İngiliz Kulesi, İşkence ve Katliam Odaları ve Alman Kulesi'nde sergilenmektedir. Ayrıca, 33.5 dönüm genişliğindeki bir arazi üzerine kurulmuş olan kalede açık mekanlarda da eser sergilenmektedir. Müze, 1995 yılında Avrupa'da Yılın Müzesi Yarışması'nda "Özel Övgü" ödülünü almıştır.